Całkowicie bezpieczne są wyłącznie nieinwazyjne badania prenatalne.
Inwazyjne badania prenatalne obarczone są ryzykiem powikłań, do których należą m.in. poronienie oraz zakażenie wewnątrzmaciczne. Amniopunkcja obarczona jest odsetkiem powikłań w przedziale 0,5-1% przypadków, biopsja kosmówki 2-3% przypadków, natomiast kordocenteza 1-2% przypadków.